La Fédération est constituée de producteurs d’œufs regroupés en trois syndicats régionaux : le Syndicat des producteurs d’œufs de consommation de l’Est du Québec(Québec/Beauce, Saguenay-Lac-Saint-Jean et Est du Québec/Bas-Saint-Laurent), les Producteurs d’œufs des deux rives (Rive-Nord et Nicolet/Sherbrooke) et le Syndicat des producteurs d’œufs de consommation de l’Ouest du Québec (Outaouais-Laurentides/Abitibi-Témiscamingue et Saint-Hyacinthe/Saint-Jean-Valleyfield).
Chacun de ces trois syndicats régionaux doit élire un président et deux vice-présidents, lesquels siégeront au conseil d’administration de la Fédération.
À l’Assemblée générale annuelle de la Fédération, les producteurs élisent, parmi les neuf administrateurs, les personnes qui formeront le conseil exécutif, soit : le président, le 1er vice-président et le 2e vice-président de la Fédération.

Le conseil d’administration
Paulin Bouchard, président
Sylvain Lapierre, 1er vice-président
Emmanuel Destrijker, 2e vice-président
Nicholas Tremblay
Danny Guillemette
Jean-Philippe Désilets
Maryse Labbé
Maurice Richard
France Perreault
David Lefebvre
Secrétaire de la Fédération
Denis Frenette
Les syndicats affiliés
À la base, la Fédération est donc formée des trois syndicats régionaux suivants
